Gago surgió en las divisiones infantiles del Club Social Parque para pasar luego a las divisiones inferiores de Boca Juniors. En este club debutó en la primera división el 5 de diciembre de 2004, ingresando como titular en la victoria de su equipo como visitante frente a Quilmes por 1-0.
Su técnica infrecuente entre los jugadores del puesto hizo que pronto ganara la titularidad relegando a Raúl Cascini. A mediados de 2005, con la llegada de Alfio Basile a la dirección técnica se hizo de la camiseta número 5 de Boca. En la temporada 2005-2006 fue uno de los puntales de un equipo que se llevó cinco títulos en igual cantidad de competencias.
Más allá de los títulos obtenidos en su primer temporada completa, Gago tenía una deuda pendiente: convertir un gol en primera división. Aquel momento llegó el 1 de octubre de 2006 en un encuentro frente a Vélez Sársfield disputado en La Bombonera. Lo marcó mediante un fuerte derechazo que tuvo como destino el ángulo superior derecho del arco defendido por Gastón Sessa. Fue el primero de los tres tantos con los que Boca Juniors revirtió el 0-2 en el marcador de esa tarde.
Desde su aparición en primera Gago comenzó a estar en la mira de varios clubes europeos, especialmente el Real Madrid que el 21 de diciembre de 2006 consiguio su fichaje. Su debut en el equipo se dio el 7 de enero de 2007 en la derrota por 2 a 0 ante el Deportivo La Coruña. Ha recibido variados elogios, entre los que destacan los de su referente en el puesto, Fernando Redondo.
